SIBO, de quoi parle-t-on?

Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) et l’IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth) sont des déséquilibres du microbiote intestinal caractérisés par une prolifération excessive de micro-organismes dans l’intestin grêle.

Longtemps sous-diagnostiqués, ces troubles sont aujourd’hui un peu mieux reconnus, mais reste encore malheureusement encore trop peu évoqués.

Le but de cet article est de vous présenter ce qu’est le SIBO et l’IMO, ses manifestations, comment on le met en évidence et quelques pistes de réflexion.

Article mise à jour en avril 2026.

SIBO VS IMO

On compte entre 10 000 à 10 millions de bactéries / mL* dans l’intestin grêle.  Cela peut paraitre beaucoup, mais en réalité ce n’est qu’une goutte d’eau quand on sait que le côlon en abrite 10 à 10 000 milliards/mL* !

La majorité de nos bactéries devrait donc être concentrée dans notre gros intestin/colon.

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Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) est une prolifération excessive de bactéries productrice d’hydrogène (H2) (notamment Klebsiella, ou E.coli) dans l’intestin grêle. Ce ne sont pas des bactéries pathogènes mais plutôt un excès au « mauvais endroit).

Il existe également le SIBO H2S, plus rare, qui est caractérisé par un excès de bactéries productrices de sulfure d’hydrogène (H2S) (notamment Desulfovibrio, Fusobactetrium, Clostridium…). Ce SIBO H2S peut être parfois étendu au colon (ou juste dans le colon). Dans ce cas on parle d’ISO (Intestinal Sulfide Overgrowth). Ces bactéries sont des opportunites : nous pouvons en avoir dans notre tube digestif sans que ce soit un problème. C’est leur surnombre qui va poser problème.

L’IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth) est caractérisé par une prolifération d’archées (microorganisme et notamment Methanobrevibacter smithii)) productrices de méthane (CH4) pouvant toucher l’ensemble du tube digestif.

 

 

Pourquoi la prolifération de bactéries dans l’intestin grêle est problématique?

Des bactéries sont naturellement présentes dans l’intestin grêle, mais leur composition et leurs fonctions diffèrent de celles du côlon.

Ces bactéries se nourrissent principalement de glucides (sucres). Cette fermentation produit des gaz, à l’origine de ballonnements et de distension abdominale (le fameux “ventre de femme enceinte”).

L’intestin grêle est un environnement particulièrement riche en nutriments, car c’est à ce niveau que les aliments sont digérés et absorbés. Les bactéries y trouvent donc facilement ce dont elles ont besoin pour se développer.

Le SIBO et l’IMO vont entraîner une fermentation excessive des aliments (et donc des ballonnements +++), une inflammation de la muqueuse intestinale, une mauvaise absorption des nutriments… et, à terme, impacter l’énergie, l’immunité et même l’équilibre hormonal.

 

Pourquoi le SIBO apparait?

L’intestin grêle possède de nombreuses protections pour éviter que les bactéries fassent de lui leur maison:

• L‘acide chlorhydrique (acide de l’estomac) dont l’un des rôles est de tuer les microbes ingérés lors de la
  consommation d’aliments
• Les enzymes digestives et la bile, qui jouent un rôle antimicrobien
• Des défenses mécaniques: valve iléocaecale entre l’iléon (dernière partie de l’intestin grêle) et le caecum (première partie du gros intestin) qui empêche les bactéries de « remonter »
• Le complexe migrant moteur, véritable balai digestif qui par ses contractions « poussent » les bactéries vers la sortie
• Le système immunitaire bien sûr qui règne à l’équilibre du microbiote

Si l’un des systèmes devient défaillant, même de façon temporaire, le risque de développer un SIBO augmente.

La provenance des bactéries importe peu au final, car dans tous les cas, il y a un problème de défense à la base.

 

Le SIBO n’est pas une maladie, car les bactéries ne sont pas pathogènes, mais juste au mauvais endroit. Le SIBO et l’IMO sont donc classés comme troubles digestifs fonctionnels.

Pourquoi ces systèmes de défenses échouent?

Certains médicaments et facteurs issus d’anomalies favorisent l’apparition du SIBO. Cette condition est souvent sont associée d’autres, telles que:

Anomalies anatomiques :

• • Maladie de Crohn, maladie cœliaque non diagnostiquée ou pas contrôlée ;
  • Chirurgies, telles qu’une restriction des intestins ou du côlon (ex : bypass) ou ablation de la vésicule biliaire
  • Endométriose

Anomalies fonctionnelles :

• • La prise chronique d’inhibiteur à protons type oméprazole (médicament prescrit en cas de reflux, brûlures d’estomac).
  • La prise chronique d’opïodes
  • Faible acidité gastrique (achlorydrie) souvent secondaire à la prise long terme d’IPP et/ou d’un stress chronique
  • Maladies neurologiques avec atteintes du système nerveux
  • Hypothyroïdie, maladie d’Hashimoto

Autres :

• • Production insuffisante d’enzymes digestives par le pancréas (IPE)
  • Expositions fréquentes aux antibiotiques
  • Immunodéficience (VIH par exemple)
  • Post infectieux dont le microbiote ne retourne pas à la normale (généralement après une intoxication alimentaire). C’est l’une des causes les plus fréquentes en cas de SIBO, mais le microbiote est à l’origine fragile et peu résilient.

Notre digestion est permise grâce à trois éléments majeurs: la bile, les acides, et les enzymes pancréatiques. Ces éléments sont des antibiotiques naturels (tuent des pathogènes) et supportent le CMM.

Une bonne motilité, un feu digestif fort, un microbiote sain et diversifié, une consommation raisonnable et courte de certains médicaments (antibiotiques, IPP), un sommeil suffisant et de qualité, ainsi qu’une bonne gestion du stress, sont les meilleurs protecteurs face au SIBO.

 

Intoxication alimentaire et SIBO

Comme évoqué plus haut, une cause fréquente du SIBO reste l’intoxication alimentaire.

E.coli, Campylobater jejuni, Salmonella etc., ces bactéries, en plus de nous rendent malade, produisent une toxine : la cytoléthale B (CBT-B).

Lors d’une intoxication alimentaire ou d’une banale gastro-entérite, notre organisme sécrète des anticorps qui attaquent les bactéries et leurs toxines.

En général, on a une bonne diarrhée et/ou des vomissements pendant quelques heures ou jours pour les plus malchanceux, et une fois que les anticorps ont fait leur job et que le danger est écarté, ils « disparaissent » de la circulation.

Cependant, dans 10% des cas, ces anticorps sont un peu confus et s’attaquent à la vinculine, une protéine jouant un rôle majeur dans le bon fonctionnement du Complexe Moteur Migrant (notre balai intestinal).

Cette vinculine (protéine) est moléculairement proche de la CBT-B. Elles sont jumelles en quelque sorte.

En détruisant la vinculine, les nerfs du CMM sont abîmés. Le CMM ne peut donc plus jouer son rôle de défense et de balai.

Le « nettoyage » ne se produit pas correctement et les bactéries restées dans le grêle profilèrent.

Vous n’avez donc peut-être pas souvenir, mais la cause de votre SIBO était peut-être due au steak à l’hygiène douteuse mangé quelques mois plus tôt !

Pour vous aider à comprendre, imaginez une rivière. S’il y a du courant, il y a peu de chance pour que vous puissiez voir des algues à la surface.

En revanche, si l’eau stagne, on pourra observer (et même sentir) le développement de micro-organismes.

Comment identifier un SIBO et/ou un IMO

Le SIBO, l’IMO et l’ISO ne se prennent pas en charge de la même manière. Un protocole inadapté peut parfois aggraver les symptômes.

Il est donc essentiel de réaliser un test diagnostique avant toute prise en charge en cas de suspicion (lié à vos symptômes et histoire personnelle).

Les symptômes

Voici une liste (non exhaustive) des symptômes induits :

• douleurs abdominales
• indigestion, dyspepsie, sensation de « trop plein »
• ballonnement
• distension abdominale
• reflux
• constipation et/ou diarrhée
• nausées
• flatulences +++

Le symptôme principal qui nous met souvent la puce à l’oreille est le ventre qui gonfle très rapidement après les repas, notamment en cas de consommation de fibres. La distension abdominal s’aggrave au cours de la journée.

En cas de SIBO les symptômes auront tendance à diminuer en cas de prise d’antibiotiques (mais avec rechute +/- rapide). A l’inverse, les symptômes peuvent s’aggraver en cas de prise de prébiotique ou probiotiques multi souches.

Si l‘apport de fibres aggrave la constipation, on pourrait suspecter un IMO.

On peut également observer des symptômes extra-digestifs tels que des troubles cutanés (rosacée notamment), prise ou perte de poids, fatigue…

 

Le test respiratoire

Le test le plus couramment utilisé en pratique (dans les étude on réaliser un aspiration du liquide de l’intestin grêle) est un test respiratoire, qui consiste à ingérer une solution sucrée (glucose ou lactulose), puis à souffler dans un petit sac à intervalles réguliers pendant 2 à 3 heures, selon le substrat utilisé.

L’objectif est de mesurer, via l’air expiré, la production de gaz (hydrogène – H₂ et méthane – CH₄) et d’en suivre l’évolution tout au long du transit digestif.

La lecture du test demande une expertise précise : demandez conseil !

L’H2S ne se mesure pas (encore) en France. Une lecture fine du test peut parfois mettre sur la piste. Sinon, je recommande parfois (selon vos symptômes), de compléter par une analyse métagénomique du microbiote.

Pour en savoir plus sur comment et où réaliser le test, je vous invite à lire cet article.

 

Autres tests

Selon vos symptômes, d’autres tests permettant de personnaliser davantage le protocole pourront être proposer. Parmi ces tests que je peux proposer on retrouve:

• Le dosage des acides gras à chaine courte, mesurant notamment le butyrate
• L’analyse métagénomique du microbiote
• Un DMI ou MOU fongique pour identifier une prolifération de levure (candidose)
• Un bilan nutritionnel
• Un bilan thyroidien
• Le dosage des acides biliaires
• …

Ces tests reposent sur la biologie fonctionnelle. Aussi, seul un professionnel formé sera en mesure de vous proposer et d’analyser les résultats.

Pour en savoir plus, je vous invite à visualiser le webinaire sur ce sujet (gratuit).

 

SIBO et/IMO positif(s), que faire ?

La prise en charge du SIBO et IMO est complexe et doit être globale.

En effet, chercher à éradiquer l’excès de micro-organismes ne suffit pas. Il faut comprendre les causes possibles de cette/ces dysbioses pour éviter les récidives.

En bref, le protocole repose sur 2 grands piliers.

1.Réduire la charge microbiote

Cela peut être fait via une/des antibiotiques ou de la phytothérapie (usage de plantes antimicrobiennes).

Le choix de l’antibiotique est très important. Idem pour le choix des plantes.

Les deux options semblent être aussi efficaces l’une que l’autre. Le choix dépendra souvent de la situation (taux de gaz), de l’accompagnement médicale et de vos préférences personnelles.

En parallèle de l’antibiothérapie ou de la phytothérapie, un régime alimentaire pourra être proposé de façon à limiter les substrats (nourriture) des micro-organismes et donc optimiser le protocole.

Le choix du régime alimentaire devra être adapté à votre situation.

2.Corriger la ou les causes sous-jacentes (clé de la réussite)

On visera notamment à :

• Soutenir la motilité de l’intestin grêle via l’hygiène de vie et un prokinétique
• Favoriser un transit régulier
• Travailler sur le stress si besoin
• Soutenir les fonctions hormonales et notamment la thyroïde
• Combler les carences nutritionnelles
• ..

Les causes sont multiples et propres à chacun. Aussi, le protocole doit être personnalisé.

 

Récidives : pourquoi sont-elles fréquentes ?

Les études montrent que jusqu’à 40–45 % des patients rechutent dans l’année.

Les principales raisons :

• cause sous-jacente non traitée
• motilité insuffisante
• alimentation inadaptée
• stress chronique

 

SIBO, IMO et SII quels différences ?

C’est une question que j’ai sans cesse et la réponse est simple : le SIBO et/ou IMO est l’une des causes du SII (syndrome de l’intestin irritable). Les études montrent que 20-30% des personnes souffrantes de SII ont un SIBO.

Aussi, en adressant le SIBO/IMO et ses causes, vous deviez ne plus avoir des troubles digestifs et donc plus de « SII » !

 

En résumé

• Le SIBO H2 est une prolifération de bactéries dans l’intestin grêle: L’IMO est une prolifération d’archée pouvant toucher l’ensemble du tube digestif.
• Il existe également le SIBO H2S ou l’ISO, soit une prolifération excessive de bactéries productrices d’H2S dans l’intestin grêle et/ou le colon.
• Les symptômes seront digestifs et extra digestifs
• Un test respiratoire où l’on mesure la quantité de méthane et d’hydrogène via le souffle reste actuellement la principale méthode de diagnostic. La préparation au test et une lecture fine est cruciale.
• Le test permet de déterminer quel type de SIBO et/ou IMO vous avez, ainsi que la sévérité de la dysbiose.
• Le protocole consistera à éliminer l’excès des micro-organismes soit par un traitement antibiotique, soit via la phytothérapie (plantes), à soutenir la digestion, à rétablir un écosystème digestif optimal et à adresser les causes de ces dysbiose.
• L’alimentation jouera un rôle de support. Le régime alimentaire choisi sera à individualiser.

Si vous pensez avoir un SIBO et/ou IMO ou que vous avez déjà réalisé le test et avez besoin d’aide, n’hésitez pas à me contacter.

Pour aller plus loin

• Regarder le replay du webinar sur le SIBO et ses liens avec les maladies auto-immunes.

• Article SIBO (&co) et MAI, liens et pistes de réflexion

Bibilographie

Quelques études utilisées pour cet article:

Chen, B., Kim, J.J.-W., Zhang, Y., Du, L., & Dai, N. (2018). Prevalence and predictors of small intestinal bacterial overgrowth in irritable bowel syndrome: a systematic review and meta-analysis. Journal of gastroenterology, 53(7), 807-818.

Compare, D., Pica, L., Rocco, A., De Giorgi, F., Cuomo, R., Sarnelli, G., Romano, M., & Nardone, G. (2011). Effects of long‐term PPI treatment on producing bowel symptoms and SIBO. European journal of clinical investigation, 41(4), 380-386.

Ghoshal, U. C., Shukla, R., & Ghoshal, U. (2017). Small intestinal bacterial overgrowth and irritable bowel syndrome: a bridge between functional organic dichotomy. Gut and liver, 11(2), 196.

Ghoshal, U. C., & Srivastava, D. (2014). Irritable bowel syndrome and small intestinal bacterial overgrowth: meaningful association or unnecessary hype. World Journal of Gastroenterology: WJG, 20(10), 2482.

Pimentel, M. (2009). Review of rifaximin as treatment for SIBO and IBS. Expert opinion on investigational
drugs, 18(3), 349-358.

Wilhelmi, M., Studerus, D., Dolder, M., & Vavricka, S. (2018). SIBO:«small intestinal bacterial overgrowth». Forum Médical Suisse,