2kgs, 90% de nos cellules, j’ai nommé: notre microbiote!

Aujourd’hui nous allons parler d’un sujet qui me fascine : notre microbiote. Vous avez surement déjà entendu dire que nos intestins, et plus particulièrement notre gros intestin, sont peuplés par des milliards de bactéries.

 

C’est une découverte assez récente.

 

Aussi, les chercheurs ne savant pas trop comment identifier ces êtres unicellulaires logeant dans notre tube digestif, l’ont appelé « flore », en référence à la classification des plantes.

 

 Une minorité de bactéries est « cultivable » sur pétri en laboratoire. Il est donc difficile de connaitre l’ensemble des micro-organsimes qui habitent dans notre ventre. Cependant, les scientifiques ont distingué trois grandes familles de bactéries:

  • Les Firmicutes
  • Les Bacteroidetes
  • Les Actinobacteria

Il en existerait même une 4e: Proteobacteria

 

On commence à en savoir un peu plus sur le microiote, considéré aujourd’hui comme un organe à part entière,  propre à chacun.

 

 

Laissez-moi vous raconter une expérience qui m’a marqué.

 

Des souris ont subi un traitement antibiotique. Leur flore intestinale a donc été partiellement détruite. En effet, les antibiotiques tuent les bactéries à l’origine de la maladie, mais aussi les « bonnes » bactéries logeant dans nos intestins.

 

Les chercheurs ont ensuite administré à ces souris des bactéries provenant d’autre souris. Les souris traitées se sont mises à se comporter comme les souris dont elles ont reçu leurs bactéries.

 

Impressionnant non ?

 

Certes il n’est pas possible de dire la même pour les êtres humains, mais cette expérience est un bon début pour montrer à quel point l’étude du microbiote est loin d’avoir fini de nous surprendre.

 

 

Chez l’Humain, on sait qu’une modification de notre microbiote peut provoquer des désordres au niveau de l’intestin, ainsi qu’un affaiblissement du système immunitaire.

 

Dans cet article je vais tenter de vous en apprendre un peu plus sur les micro-organismes qui partagent notre corps.

 

Tout d’abord, petite explication simple pour comprendre de quoi on parle 

Une bactérie est un être unicellulaire, c’est-à-dire qu’elle ne possède qu’une cellule. Aussi, elle est microscopique et indétectable à l’ œil nu. Certaines bactéries respirent : elles utilisent de l’oxygène pour produire de l’énergie. A l’inverse d’autres utilisent la fermentation.

 

 

Quelle est la composition du microbiote intestinal ?

Notre microbiote était anciennement nommé flore intestinale car les études suggéraient qu’il était uniquement constituée de bactéries. Or, il est désormais reconnu que la flore intestinale se compose en réalité de nombreux micro-organismes ne faisant pas partie du règne végétal.

 

On retrouve:

  • Différentes souches bactériennes (grande majorité)
  • De virus 
  • De levures
  • De champignons
  • De protozoaires (micro-organisme très souvent unicellulaire, dont certains sont à l’origine de maladie comme la malaria)

Mais les bactéries, c’est dangereux !

Certes, ces organismes sont  responsables de maladies célèbres comme la peste, la lèpre, le choléra, ou la tuberculose. Cependant, elles sont nécessaires à notre vie.

 

Vous n’êtes pas convaincu?

 

Rassurez-vous, le corps humain a tout prévu! Notre paroi intestinale est protégée car l’épithélium (tissu) libère des peptides antimicrobiens et est tapissé d’un mucus protecteur.

 

 

Pourquoi avons-nous  tant de bactéries ?

C’est bien simple, sans elles nous ne pourrions pas vivre ! Nous ne les voyons pas et pourtant nous pouvons parfois « sentir » leur présence.

Par exemple, nous regorgeons de bactéries sur la peau, d’où l’odeur nauséabonde lorsque nous faisons du sport. En effet, notre sueur, constituée principalement d’eau, associée à des minéraux, des protéines, du lactate et d’urée, est un aliment idéal pour les nombreuses bactéries présentes sous nos aisselles, autour de notre sexe et en général sur toute notre peau.

 

Ce n’est pas notre sueur qui sent mauvais, mais les composés chimiques produits par les bactéries qui se régalent de notre sueur. Plus on laisse le temps à nos bactéries de consommer notre sueur, plus l’odeur deviendra forte.

 

 

Nous les « sentons » aussi à d’autres moments… je fais allusion à l’odeur peu agréable que nous laissons derrière nous parfois, après avoir fait notre petite affaire aux toilettes. Un gramme de selles contient plus de bactéries que d’humain sur Terre, pas étonnant que cela sente de temps en temps !

 

Ok, en gros, elles me font puer, mais à quoi me sont-elles bénéfiques ?

La population commence doucement à prendre conscience que toutes les bactéries ne sont pas nocives et même utiles. Nous aurion 10 fois plus de bactéries que nous avons de cellules (mais ce chiffre impressionnant semblerait toutefois devoir être revu à la baisse). Environ 2kg du poids indiqué sur notre balance ne nous appartient pas vraiment, c’est le poids de nos 10 billions de bactéries !

 

Pour comprendre mieux, voyez ça un peu comme si, en échange du loyer et du couvert, les bactéries nous payaient en énergie. C’est une symbiose, mot scientifique pour dire en gros que c’est du gagnant-gagnant. En effet, elles se nourrissent de fibres, parties de l’aliment que nos intestins ne peuvent digérer et absorber. Les bactéries utilisent ces fibres pour se nourrir et produisent des acides gras à courtes chaines qui vont nourrir les cellules de notre gros intestin.

 

Chaque bactérie peut fabriquer différentes substances en fonction de ses compétences : acide, gaz, graisse…

 

Mais ce n’est pas tout !

 

  • Elles synthétisent des vitamines, notamment les vitamines K et du groupe B, dont la biotine (B7), cobalamine (B12), folates (B9), acide pantothénique (B5), pyridoxine (B6), riboflavine (B2) et thiamine (B1).

Prenons l’exemple de la vitamine K2 qui joue un rôle important dans la coagulation sanguine. C’est en grande partie dans notre gros intestin qu’elle est synthétisée.

De plus, il a et a été montré que les humains suivant un régime pauvre en vitamine K pendant 4 semaines ne présentent pas de signes de déficient, mais ceux ayant en même temps subi un traitement antibiotique ont vu leur taux de prothrombine (examen utilisé pour évaluer la coagulation sanguine) chuter considérablement.

 

 

  • Elles jouent un rôle dans l’immunité.

80% de nos cellules immunitaires se trouvent dans nos intestins. En même temps que nous ingérons des aliments, nous avalons aussi des micro-organismes pathogènes qui vont venir stimuler nos cellules immunitaires.

 

Notre microbiote jour un rôle de barrière contre les organismes pathogènes.

 

Comment ? Utilisons une métaphore.

 

Vous avez peut-être déjà voulu acheter des billets pour un concert mais tout était complet ? Et bien c’est pareil dans nos intestins, c’est très occupé. Aussi, les micro-organismes extérieurs ont parfois du mal à trouver de la place, et tant mieux pour nous !

 

 

  • Elles limitent l’impact des toxines produites par les micro-organismes pathogènes soit :
    • en les dégradant
    • en agissant sur leur synthèse
    • en modifiant la sensibilité des entérocytes (cellules de l’intestin) à ces toxines

 

 

  • Elles produisent des substances protectrices. L’une des plus célèbres est le butyrate. Cet acide gras à chaine courte est issu de la fermentation des fibres alimentaires par les bactéries. Il joue un rôle essentiel dans nos intestins: il entraîne une diminution du pH, favorise le développement des bactéries commensales (celles qui nous veulent du bien), est une source d’énergie pour les cellules du côlon, et est un anti-inflammatoire naturel. Il aurait même une potentielle activité anti-cancer car il serait capable d’induire l’apoptose (mort cellulaire programmée) des cellules cancéreuses du côlon.

 

 

  • Elles recyclent, synthétisent ou détériorent nos hormones. 20% de la T4 (hormone thyroïdienne) est convertie en T3 (forme active) dans le microbiote.

 

Comment se crée notre microbiote?

Le microbiote intestinal se met en place au cours du temps depuis notre naissance. Il atteint « âge adulte » à 3 ans. Le mode d’accouchement, l’alimentation, l’environnement, la consommation d’antibiotiques ect, jouent un rôle dans sa composition.

 

Notre microbiote est comme notre empreinte digitale : propre à chacun.

 

 

Que se passe-t-il si notre microbiote est perturbé ?

En cas de dérèglement, ce n’est plus une symbiose mais une dysbiose. 3 causes principales traduisent ce déséquilibre :

  • un déséquilibre entre certains micro-organismes, notamment entre des agents pro-inflammatoires et des agents anti-inflammatoires
  • la prédominance de certains micro-organismes
  • la raréfaction ou l’absence de certains micro-organismes tels que la bactérie Faecalibacterium prausnitzii (Fprau).

 

Allons un peu plus loin à propos de cette bactérie.

Fprau a prouvé ses effets bénéfiques chez les souris : elle diminue l’inflammation et protège l’intestin grâce à une molécule qu’elle sécrète.

On a pu observer que chez les personnes atteintes de MICI (maladies inflammatoires de l’intestin, Fprau se fait plus rare et une diminution de sa présence aggrave la maladie.

 

Par ailleurs, les personnes souffrant du syndrome de l’intestin irritable ont très souvent un déficit en Fprau.

 

Aussi plusieurs pistes sont à l’étude. Ces personnes pourraient consommer cette bactérie sous forme de compléments alimentaires ou d’aliment enrichis tels que les yaourts enrichis en certaines bactéries pour que Fprau puisse coloniser l’intestin. Des chercheurs suggèrent aussi de consommer directement la protéine synthétisée par Fprau, la MAM (Micronial Anti-inflammatory Molecule) sous forme de médicament.

 

Note: Il n’y a pas en soi de bonnes et de mauvaises bactéries (sauf exception). C’est leur quantité, l’endroit où elles se trouvent et la façon dont elles interagissent avec les autres micro-organismes qui importent.

 

Quand la barrière de l’intestin est abimée, le passage des bactéries à travers les entérocytes est facilité. Cela provoque une inflammation qui peut perdurer si la barrière intestinale ne se soigne pas.

 

 

Où les trouve-t-on à part dans nos intestins ?

Nous possédons plusieurs microbiotes :

  • De la peau
  • Du nez/bouche/pharynx
  • Des poumons
  • Du vagin pour la femme

 

 

Cependant, le microbiote intestinal est le plus abondant et donc le plus intéressant.

 

 

Mais les bactéries n’habitent pas seulement dans notre corps. Il existe des millions de bactéries dans de divers produits et lieux. Exemples :

  • Lactobacillus bulgaricus, qui sert à fabriquer du yaourt.
  • Escherichia coli, qui vit dans notre appareil digestif.
  • Mycobacterium tuberculosis, aussi appelé bacille de Koch, est responsable d’une maladie : la tuberculose.
  • Clostridium tetani, qui est responsable d’une autre maladie, le tétanos.

 

Autre exemple: la spiruline, algue très convoite particulièrement chez les sportifs pour leur apport en fer. Et bien ce n’est pas réellement une algue mais une cyanobactérie.

 

Olala, qu’est-ce que c’est que ce truc encore ?

 

Pas de panique, une cyanobactérie et comme son nom laisse entendre, une bactérie qui utilise l’énergie solaire pour synthétiser ses molécules. Elle utilise différents pigments pour capter la lumière. Dans le cas de la spiruline, ses pigments sont de couleur bleue-verte.

 

 

Comment se reproduisent-elles ?

Les bactéries sont des organismes asexués,  pas câlins ! Pour se reproduire, une cellule se divise en deux bactéries identiques. Chez certaines, cela se fait toutes les 20 minutes. C’est comme cela qu’une seule bactérie peut donner naissance en 48 heures à plusieurs milliards de bactéries !

 

 

Les nouveaux traitements

De nouveaux traitements sont apparus ces dernières années, notamment l’injection de matières fécales à des patients par sonde pour recoloniser leurs intestins.

 

 

Comment prendre soin de son microbiote intestinal ?
  • Eviter les traitements antibiotiques quand ce n’est pas nécessaire
  • Eviter les aliments ultra-transformés
  • Favoriser des aliments bruts, riches en fibres

 

 

Voyez votre microbiote comme un jardin dont vous êtes responsable.

 

Vous devez prendre garde à ce que le sol (vos intestins) soit riche en nutriments pour que les plantes (micro-organismes) poussent.

 

Vous devez faire attention aux mauvaises herbes (aliments ultra-transformés) et aux toxiques qui peuvent altérer la croissance et provoquer des maladies.

 

Vous voulez cultiver une grande variété de plantes possible, la diversité, c’est la clé !

 

 

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Pour aller plus loin:
  • Vidéos sur les fonctions de l’intestin ici
  • Les supers pouvoirs de l’intestin, Enquête de santé, vidéo ici
  • Le Charme discret de l’intestin. Ce best-seller de Gulia mérite son succès. Ecrit de manière décontractée et drôle, ce livre présente un sujet dont on parle peu et dont on ne s’intéresse pas vraiment, à tort ! Passionnée par le système digestif, ce petit bijou vous révèlera bien des surprises !
  • Podcast, My amazing body, The gut microbiome
  • Une étude particulièrement complète: Ian Rowland et at, 2018. Gut microbiota functions: metabolism of nutrients and other food components. Eur J Nutr; 57 (1): 1-24
  • Site de l’Inserm
  • Ask the doctor – The gut, disponible sur Netflix Shalin Neik, Sandro Demaio, Renee Lim
  • Les mystères du ventre enfin dévoilés, E=M6 Disponible en replay sur Youtube,

 

 

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