Probiotiques et SIBO/IMO lesquels choisir ?

Avant de parler probiotiques et SIBO je vous invite à lire cet article.

Probiotiques et SIBO/IMO : faut-il en prendre ?

Pendant longtemps, les probiotiques ont été déconseillés chez les personnes souffrant de SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) ou d’IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth), par crainte qu’ils n’aggravent la prolifération microbienne dans l’intestin grêle.

Aujourd’hui, les connaissances évoluent. Les recherches montrent que les probiotiques ne doivent pas être considérés comme un groupe homogène : chaque souche possède des propriétés spécifiques, et certaines pourraient au contraire contribuer à soutenir l’équilibre intestinal, renforcer la barrière digestive et favoriser un meilleur fonctionnement du transit.

Toutes les souches d’un même probiotique n’ont pas les mêmes effets. Par exemple, Bifidobacterium lactis HN019 et Bifidobacterium lactis BB-12 appartiennent à la même espèce, mais ce sont deux souches différentes. Elles ont été étudiées dans des contextes différents et ne produisent pas exactement les mêmes effets. C’est pourquoi, lorsque l’on choisit un probiotique, il est important de vérifier non seulement le nom de l’espèce, mais aussi le nom complet de la souche (par exemple HN019, BB-12 ou LGG), car c’est cette dernière qui détermine les bénéfices démontrés par les études scientifiques.

 

Le SIBO et l’IMO ne correspondent pas uniquement à une augmentation du nombre de micro-organismes dans l’intestin grêle. Ils sont souvent associés à plusieurs facteurs comme :

• une diminution de la motricité digestive (complexe moteur migrant altéré) ;
• une dysbiose intestinale ;
• une altération de la barrière intestinale ;
• une hypersensibilité digestive.

La prise en charge repose donc sur une approche globale : identifier les facteurs favorisants, soutenir la digestion et la motricité intestinale, adapter l’alimentation, corriger les déficits nutritionnels éventuels et, lorsque nécessaire, utiliser des traitements antimicrobiens.

Dans cette approche intégrative, certains probiotiques peuvent représenter un outil complémentaire intéressant. Toutefois, le choix de la souche est essentiel : un probiotique adapté à une personne présentant un IMO avec constipation ne sera pas forcément le même que celui utilisé chez une personne souffrant d’un SIBO associé à des diarrhées ou une hypersensibilité digestive.

Dans cet article, nous allons voir :

• quelles sont les principales familles de probiotiques ;
• quelles souches sont actuellement les plus étudiées ;
• comment choisir un probiotique selon son profil digestif.

À retenir : les probiotiques ne remplacent pas une prise en charge globale du SIBO/IMO. Ils doivent être considérés comme un soutien complémentaire à l’alimentation, aux traitements éventuels, à la correction des facteurs favorisants et au soutien de la motricité digestive.

 

Les différentes familles de probiotiques

Les Lactobacillus

Les Lactobacillus font partie des probiotiques les plus connus. Ils sont naturellement présents dans le microbiote intestinal et dans certains aliments fermentés comme le yaourt, le kéfir ou la choucroute.

Selon les souches, ils peuvent :

• soutenir l’intégrité de la barrière intestinale ;
• limiter l’adhésion de certaines bactéries indésirables ;
• moduler la réponse immunitaire ;
• contribuer à réduire certains symptômes digestifs comme les douleurs ou les ballonnements.

Exemples de souches étudiées :

• Lactobacillus plantarum 299v ;
• Lactobacillus rhamnosus GG ;
• Limosilactobacillus reuteri DSM 17938.

 

Les Bifidobacterium

Les Bifidobacterium participent notamment à la production d’acides gras à chaîne courte (AGCC), comme le butyrate, qui jouent un rôle essentiel dans :

• la nutrition des cellules intestinales ;
• le maintien de la barrière digestive ;
• la régulation de l’inflammation.

Certaines souches peuvent également contribuer à améliorer le transit et la constipation.

Exemples :

• Bifidobacterium lactis HN019 ;
• Bifidobacterium lactis BB-12 ;
• Bifidobacterium longum BB536.

 

Les levures probiotiques

Contrairement aux idées reçues, tous les probiotiques ne sont pas des bactéries.

Saccharomyces boulardii CNCM I-745 est une levure probiotique particulièrement étudiée en gastro-entérologie.

Elle présente plusieurs caractéristiques intéressantes :

• elle n’est pas sensible aux antibiotiques classiques, ce qui permet son utilisation dans certains contextes associés aux traitements antimicrobiens ;
• elle contribue à réduire le risque de diarrhées associées aux antibiotiques ;
• elle soutient la barrière intestinale ;
• elle limite l’adhésion de certains microorganismes potentiellement pathogènes.

 

Les probiotiques sporulés (Bacillus)

Les probiotiques sporulés appartiennent principalement au genre Bacillus (Bacillus coagulans, Bacillus subtilis, Bacillus clausii…).

Leur particularité est leur capacité à produire une spore, une structure protectrice naturelle qui leur permet de mieux résister au passage digestif (acidité gastrique, enzymes digestives). Ils peuvent ainsi atteindre l’intestin sous une forme viable.

Contrairement à certaines bactéries probiotiques classiques, ils ne colonisent généralement pas durablement l’intestin mais exercent leurs effets pendant leur passage.

Les recherches suggèrent qu’ils pourraient :

• soutenir l’équilibre du microbiote ;
• limiter certaines bactéries opportunistes ;
• renforcer la barrière intestinale ;
• moduler la réponse inflammatoire.

Ils représentent une piste intéressante dans les troubles digestifs fonctionnels et les dysbioses, mais les études spécifiques dans le SIBO restent encore limitées.

 

 

Quel probiotique choisir en cas de SIBO/IMO ?

Le choix doit être individualisé selon :

• le type de symptômes (constipation, diarrhée, douleurs, ballonnements) ;
• le type de SIBO/IMO ;
• la tolérance digestive ;
• l’historique médical.

Une introduction progressive est souvent préférable chez les personnes sensibles.

 

Probiotiques en cas de SIBO hydrogène (H2)

• Saccharomyces boulardii CNCM I-745 : cette levure probiotique particulièrement étudiée dans les troubles digestifs associés aux antibiotiques et les diarrhées. Elle peut être intéressante car elle ne colonise pas durablement l’intestin et son mécanisme d’action diffère des probiotiques bactériens. Cette souche améliore les symptômes digestifs, peut augmenter le taux d’éradication lorsqu’elle est associée à la rifaximine et réduit le risque de diarrhée liée aux antibiotiques (Martyniak et al., 2025).

Le produit G’BIOME® SBO de NUTRILOGICS combinant Saccharomyces boulardii CNCM-3799 avec Lactobacillus rhamnosus GG ATCC53103 et Bacillus coagulans MTCC5856 est très intéresant en cas de SIBO (et notamment en cas SIFO, candidose, associée ou suspectée).

 

Probiotiques en cas d’IMO

• Limosilactobacillus (anciennement Lactobacillus) reuteri DSM 17938 BIOGAIA – Les études ont montré que son usage diminuait les taux de méthane avec une éradication de 55% et une amélioration du transit dans les cas de constipation (Ojetti et al., 2017).

• B.lactis HN019 souche à effet prokinétique et régulatrice du transit chez les personnes souffrant de constipation fonctionnelle (Walller et al. ; 2010. Ces bénéfices seraient liées à son action sur le microbiote intestinal, à la production d’acides gras à chaîne courte (comme le butyrate) et à la stimulation de la production de sérotonine, un messager impliqué dans la motricité digestive. Les recherches suggèrent qu’elle aide à renforcer la barrière intestinale, en limitant l’adhésion de certaines bactéries potentiellement nocives et en soutenant les défenses naturelles de l’organisme (Cheng et al., 2021). Disponible chez NUTRILOGICS (10% avec le code TJHJ62596)

 

Probiotiques en cas de SIBO H2S

À ce jour, aucune souche probiotique n’a démontré de bénéfice spécifique dans le SIBO à hydrogène sulfuré (SIBO H₂S). Cette forme de SIBO est souvent associée à une prolifération de bactéries productrices de sulfure d’hydrogène, comme certaines espèces du genre Desulfovibrio.

L’objectif des probiotiques dans ce cadre serait de contribuer à rééquilibrer l’écosystème intestinal, renforcer la barrière intestinale et limiter le développement des bactéries opportunistes. En pratique, le choix d’un probiotique dans le SIBO H₂S repose aujourd’hui davantage sur son action globale sur le microbiote et la santé intestinale que sur des preuves spécifiques à cette forme de SIBO.

Autres probiotiques

• Lactobacillus plantarum 299v est une souche très étudiée dans le syndrome de l’intestin irritable, avec des bénéfices sur les douleurs abdominales et les ballonnements (même si les données spécifiques au SIBO sont limitées).

 

Probiotiques sporulés et SIBO

Les probiotiques sporulés (à base de Bacillus) sont de plus en plus étudiés. Dans cette étude menée chez des patients souffrant du syndrome de l’intestin irritable, le probiotique MegaSporeBiotic MICROBIOME LABS a montré des bénéfices comparables à ceux d’un traitement par rifaximine suivi d’un régime pauvre en FODMAP, avec une amélioration supplémentaire de la qualité de vie (Catinean et al., 2019). Ces résultats sont encourageants, mais des études spécifiques chez les personnes atteintes de SIBO restent nécessaires.

 

• Bacillus coagulans. Une méta-analyse en réseau (network meta-analysis), qui permet de comparer indirectement plusieurs probiotiques à partir de nombreuses études, a identifié Bacillus coagulans comme l’une des souches présentant les meilleurs résultats pour améliorer les symptômes du syndrome de l’intestin irritable. Les auteurs estiment que cette souche pourrait constituer une option intéressante, seule ou en association avec d’autres probiotiques. Néanmoins, ces données concernent le SII et non spécifiquement le SIBO ou l’IMO. Des recherches supplémentaires sont donc nécessaires avant de pouvoir formuler des recommandations spécifiques dans ce contexte.
• Bacillus subtilis, souche prometteuse mais les données restent limitées dans le cadre du SIBO à l’heure actuelle.
• Bacillus clausii, souche dont une étude a montré un éradication de 56% du SIBO à H2S (Gabrielli et al., 2009)

 

Conclusion : les probiotiques, un outil à utiliser avec précision dans le cas du SIBO

Les probiotiques ne doivent plus être considérés comme systématiquement contre-indiqués en cas de SIBO ou d’IMO. Les recherches actuelles montrent que certaines souches pourraient au contraire contribuer à améliorer certains symptômes digestifs en agissant sur plusieurs mécanismes : soutien de la barrière intestinale, modulation du microbiote, régulation de l’immunité et amélioration du transit.

Cependant, il n’existe pas un probiotique universel adapté au SIBO/IMO. Les effets dépendent de la souche utilisée, du profil digestif de la personne et du moment d’introduction.

Une personne souffrant d’un IMO avec constipation pourra bénéficier d’une approche différente d’une personne présentant un SIBO avec diarrhées ou une hypersensibilité digestive.

L’objectif n’est donc pas de rechercher « le probiotique le plus puissant », mais plutôt la souche la plus adaptée à votre écosystème intestinal et à vos besoins spécifiques.

Il faut garder en tête que lees études montrant les bénéfices de souches probiotiques pour le SIBO sont encore peu nombreuses.

Les probiotiques constituent ainsi un outil complémentaire intéressant dans une stratégie globale visant à restaurer un meilleur équilibre digestif, en association avec une alimentation adaptée, le soutien de la motricité intestinale et la correction des facteurs ayant favorisé l’apparition du SIBO/IMO.

 

Si vous avez un SIBO et/ou un IMO ou que vous souffrez de troubles digestifs, n’hésitez pas à me contacter.